Основните органи на Българското психоаналитично общество са:

Общо събрание

Общото събрание е Върховен орган на БПО. Състои се от всички пълноправни и асоциирани членове на асоциацията.

Управителен съвет

Управителният съвет е изпълнителен орган на БПО и има трима члена: председател, секретар и ковчежник.

Комисии

БПО назначава постоянни и временни комисии, които отговарят за различни сфери от неговата дейност:

  • Комисия за обучението
  • Комисия за обучителната програма
  • Комисия за научната програма
  • Комисия за работа в общността
  • Финансова комисия
  • Етична комисия